Добрый день!
Цитата: не уверена правильно ли возмещать.
Наверное, не "возмещать", а предъявить к вычету.
Если сохранился счет-фактура и не прошло еще три года, Вы можете включить НДС к вычету по товару, который был "переведен" из розницы в опт.
Факт продажи в опте формально не важен, но налоговики будут смотреть, на самом ли деле товар продан в опте, а не в рознице.
Цитата: Права на вычет сохраняются, если Вы ведет раздельный учет операций, что облагаются разными налоговыми системами
Безусловно, раздельный учет нужен обязательно. Независимо от "переводов" из опта в розницу или обратно.
Особенность раздельного учета НДС по товару, как раз и состоит в том, что этот НДС персонифицирован (привязан к конкретному товару) и его нельзя делить пропорционально доходу.
Успехов!